Os órgãos de governo procedem à tomada de decisão no âmbito das competências que, por lei, pelos Estatutos do IPL ou pelos Estatutos da ESELx, lhes sejam cometidas.
Conselho de Representantes
É o órgão colegial máximo, representante de toda a comunidade da Escola, e ao qual compete, nomeadamente, eleger o Presidente da ESELx e decidir sobre a sua destituição, aprovar o plano de desenvolvimento plurianual, rever os estatutos e decidir sobre matérias relevantes para a ESELx que o Presidente entenda submeter-lhe.
Presidente
Ao Presidente compete representar a ESELx perante os demais órgãos da instituição e perante o exterior, dirigir, orientar e coordenar as atividades e serviços da ESELx, de modo a imprimir-lhes unidade, continuidade e eficiência. O Presidente é coadjuvado por dois Vice-presidentes.
Conselho Técnico-Científico
O Conselho Técnico-Científico é um órgão colegial constituído pelos representantes das unidades de investigação e pelos docentes eleitos, nos termos previstos nos estatutos e seu regimento, entre todos os professores de carreira, equiparados a professor em regime de tempo integral, docentes com o grau de doutor e docentes com o título de especialista.
Conselho Pedagógico
O Conselho Pedagógico é o órgão ao qual compete, em articulação com as orientações emanadas dos outros órgãos, propor e dar pareceres sobre a orientação pedagógica da ESELx, em particular sobre métodos de ensino, organização curricular, calendário escolar, regimes de frequência, transição de ano e avaliação.